內容大綱：
(第一片)
『偵探團青鳥追蹤記』
步美的好朋友由香心愛的鸚鵡居然死了，少年偵探團的光彥、元太還有步美決定瞞著柯南，靠自己的力量查出這個事件背後的真相。他們強烈懷疑由香媽媽的朋友？口先生，從工作的研究室拿了毒藥，企圖殺死由香和她的媽媽。想不到這個事件的真相，其實隱藏著感動人的美意…

『佛滅日出現的惡靈，事件篇』
柯南隨著毛利小五郎來到一座豪宅，但這華麗外表下卻藏著恐怖的靈異事件。豪宅之主國友淳大自從作惡夢之後接連發生意外，淳大和他太太認為這是惡靈的詛咒，然而隨著他們的友人死亡，看似靈異的事件卻牽扯出十三年前的一場意外。這一連串發生在佛滅日的事情，究竟和國友家的過去有何關連…

『佛滅日出現的惡靈，疑惑篇』
從疑似自殺的關口先生身上找到的卡片，牽扯出十三年前發生的船難意外，而宅第裡的雇員都是當時罹難者的遺族，各自繼承了罹難者的工作，但與事件的關係也使他們成了嫌疑犯。就在此時，原本獨自一人關在三樓的國友老爺居然被人害死，犯人如何進出成了爭論的焦點，十三年前船難引發的種種聯想，更讓小蘭認為這一定是惡靈的作為…

『佛滅日出現的惡靈，解決篇』
當小蘭提起一模一樣的情侶裝扮，加上茂子太太曾提及每年三家人舉行的慶生次數，讓柯南赫然發現這是一宗雙胞胎聯手殺人事件。柯南請同是雙胞胎的橫溝警官重現現場之後，綿引兄弟終於承認這宗復仇殺人案。然而這兩起殺人案背後隱藏的，卻是關口冷血殺人滅屍行為及國友夫妻無情見死不救的過去…

(第二片)
『米花町斜頂閣樓之家』
一棟可愛洋房住進了一對姓氏奇特的老夫婦，但柯南對他們為何要住在設計並不宜老人的屋子裡感到疑惑。同時，柯南一直覺得好像有人在監視他，當他發現那棟洋房閣樓的天窗設置了相機時，不由得懷疑受到黑色組織的監視。但是灰原看過跟監照片後斷定老夫婦是經過變裝的說法，讓柯南突然想到某種可能性…

『八岐大蛇之劍，上集』
柯南等人到出雲旅遊，意外碰上一宗彷彿八岐大蛇神話情節的殺人事件。被害者是一個心腸惡毒的企業家，經過過濾之後，列出四名嫌疑犯，其中包括柯南等人在旅途中結識的旅館千金江角榮子，以及她的青梅竹馬福間良介。在偵訊過程中，柯南發現這兩人似乎都有所隱瞞，但也都不像是兇手，於是柯南決心要替他們證明清白。

『八岐大蛇之劍，下集』
榮子的不在場證明獲得證實，而福間雖然從現場把刀帶走，但他應該也不是兇手，他們都是因為誤會對方是兇手才說謊。另外，石飛先生被查出在犯案時間開車肇事逃逸，以致於從不在場證明來看，所有嫌疑犯都是清白的。然而柯南識破了兇手瞞天過海的詭計，真正的兇手原來就是…

『偵探團與毛蟲四兄弟』
步美無意間在某戶人家的橄欖樹上發現毛毛蟲，而且還逐日增加為四隻。不過，這些毛毛蟲卻讓善良的圭一扯上殺人事件，原來這些毛毛蟲是從他家偷偷移過去的，但是他在最後一天撞見了殺人兇手。他在偷移毛毛蟲的罪惡感和檢舉犯人的矛盾中掙扎，殺人兇手卻已經逼近他的身後準備殺人滅口…

(第三片)
『銀杏色的初戀，上集』
一封字跡有些模糊的明信片，居然是阿笠博士初戀情人最後的留言。十年一會的約定，因為博士始終想不出信中所指定的地點而一再錯過。大家開始根據明信片上的線索尋找可能地點，推敲之後來到動物園，看見了似乎就是當年那女孩的人，阿笠博士懷著忐忑不安的心情上前打招呼…

『銀杏色的初戀，下集』
博士的初戀情人應該是混血兒，這讓柯南頓時完全明白明信片上那些數字提示的意義。那些數字分別提示了四個具有兩人回憶的地點，然而真正約定見面的地方，竟是大家都非常熟悉的地方！那個女孩在那裡得到心靈支持，是對她來說最有意義的地點…

『小丑傳來的相片MAIL』
正要開派對的一群人發現派對主辦人死在屋裡，驗屍官推斷死亡時間是在下午四點半到五點之間，讓五點整到場的參加者看來都與此案無關。然而死者為派對所準備的東西讓柯南察覺到，真正的死亡時間應該不是如表面顯示的那樣…

『給小蘭的情書』
小蘭和園子的學姐百合子家裡似乎被闖了空門。詭異的是現金竟然被拿出來又放回去，除了日記本被翻過之外，最奇怪的是犯人居然還對百合子過逝的先生上香。園子將百合子的經歷與小蘭收到情書的事情聯想在一起，居然推敲出和柯南幾乎不謀而合的結論：犯人應是對百合子有特別情感的舊識…

(第四片)(特別加長版)
第459-463集『黑色衝擊！組織之手逼近的瞬間(一∼五)』
參觀電視台錄影的小五郎一行人，接受電視台女播報員水無怜奈的委託，調查發生在她家的惡作劇事件。想不到在事件解決後，柯南為了調查事件裝設的發信器和竊聽器，不小心黏在水無怜奈的鞋底，更因此發現她以另一個驚人身分參與某個犯罪計畫的情報！隨著茱蒂老師等FBI人員的出現，情況似乎越來越複雜；具有雙重身分的水無怜奈對柯南說的一聲謝謝，似乎隱藏著什麼難以啟齒的訊息。柯南竊聽到的英文縮寫暗號，一度讓狀況陷入膠著，但聰明的柯南都成功的一一破解。然而在追查案件的同時，隨著發信器和竊聽器可能會被發現，毛利小五郎竟陷入可能被滅口的危機！利用竊聽器追查敵人蹤跡的柯南，要怎麼阻止犯罪計畫並解救小五郎的危機？

(第五片)
第465集『超機密的上學路，上集』
光彥匆匆忙忙的衝進教室嚷嚷著發生事情了，原來是原本跟他約好要一起回家的女孩不見了，加上她之前一直強調要跟少年偵探團見面，所以光彥直覺一定有什麼不得了的事。柯南等人先後到那女孩的班上、家裡一窺究竟，發現這個跟灰原十分相似的女孩從失蹤前就有許多詭異的舉動，她是否感覺到自己有什麼危險嗎？

第466集『超機密的上學路，下集』
從祥子在便利商店的舉動和購買的東西，讓柯南認為事情跟由美打噴嚏的原因有關，於是他們來到由美所說的舊倉庫，並在裡頭發現了一窩小貓。原來讓祥子牽掛的就是這些沒人照顧的小貓，然而找到了小貓卻仍不見祥子，倒是在附近發現汽車方向燈的碎片…

第467集『無法回頭的兩人，上集』
有個男人前來請求毛利偵探幫忙尋找他的女友，原來他的女友在兩人大吵一架後，隔天一早就連同放著他重要文件的車子一同消失。經過推敲，大家一致認為她是故意要讓這名男子到兩人初識的地方找她。想不到一到那裡，卻看到那女子已經燒炭自殺，現在狀況乍看之下像是自殺，然後柯南卻從遺體衣服上的摺痕發現異狀並判別出兇手，但是兇手究竟是如何從車子裡出來的？

第468集『無法回頭的兩人，下集』
柯南確定兇手是死者的男友，卻想不透他到底是如何造成車內密室的。然而在瑛祐提到OK繃能修飾傷口時，他突然明白造成密室假象的關鍵就在膠帶上。三角先生在手法被識破之後仍堅持不認罪，但是死者留在車內煙灰缸的分手留言再度戳破了他的謊言。留言上的指紋、打破擋風玻璃的方式，都證明了這是冷血的預謀殺人案件…

(第六片)
第469集 『總局刑警戀愛物語７，上集』
到餐廳吃飯的毛利小五郎一行人，遇見來參加聯誼的高木警官和千葉警官，還發現佐藤警官也正巧參加了同一場聯誼！然而，在聯誼時發現主辦人將史的表弟浩太遭人綁架，而且之前曾有人向打聽過他們家的情報。經過分析，將史的三位朋友最有嫌疑。雖然將史說也許只是惡作劇，但佐藤堅持一定要解除小孩的危機…

第470集 『總局刑警戀愛物語７，下集』
造訪過將史的三位朋友之後，他們看起來都像是清白的。而且浩太說過在嫌犯家中看了很無趣的棒球賽，更讓調查陷入困境。因為在他被嫌犯帶回家那天，似乎沒有那麼無趣的比賽。然而柯南提到了完全比賽，讓所有人恍然大悟。此時，高木警官卻不在現場…

第471集 『柯南怪小孩』
柯南跟著毛利小五郎去拜訪小說家梅津，想不到他們告辭不久後梅津就疑似自殺身亡。然而柯南從屋裡的蛛絲馬跡看出這並不是單純的自殺，梅津留下的死前訊息更顯示這是一宗經過巧妙佈局的殺人案件。小說家獨有的樂趣，竟成了破案的關鍵。

第472集 『名犬克爾立大功』
溫馴的大型犬武藏居然咬死隔壁中谷家的老母親，武藏的主人還有小蘭等人都感到難以置信。從眼前的事證看來，似乎是中谷太太設計武藏去攻擊與她不合的婆婆。但是經過測試，武藏的反應卻不像會攻擊人。在情況陷入膠著時，和武藏青梅竹馬的黃金獵犬克爾發現關鍵證物，洗刷了武藏的殺人罪名。