在那之後經過了四年。有一天小智和皮卡丘們來到了高科技城市拉魯斯市，想在這裡的對戰塔和其他的神奇寶貝進行戰鬥。
小智巧遇一名少年而他就是小超。小超因為四年前的事，讓他完全無法和神奇寶貝相處。小智和皮卡丘在知道這樣的情形後積極幫小智克服這問題。這時候突然出現了神秘神奇寶貝代歐奇希斯....他的目的到底是什麼呢？
以高科技城市為舞台，即將展開神奇寶貝史上最大的冒險故事！