因過度使用化學合成肥料，導致地力浩劫、土壤鹽化甚至農產品中過度有害的農藥、肥料殘留是時有所聞，但不使用化學肥料卻無法使農產品達成現今市場消費喜好之外觀與成長時間。使用化學肥料易造成以上的問題，卻不得不使用之，但現今微生物科技產業迅速蓬勃，以微生物為基礎促進地力調節、改善土壤，並且無毒無害的微生物肥料應當屬於現代講求永續經營以及健康的社會氛圍下新一波趨勢。
化學肥料多以化學合成或是礦石粉所製成，但微生物肥料系屬利用微生物以利用微生物的分解與聚合的特性，轉化本來就存在於土壤中的元素，做為農作物的養分，藉此促進植物生長，因肥力本身來自於自然環境，並非外來添加，不至於導致像過度使用化學肥料之傷害土壤，微生物肥料能把對環境的傷害降至最低。微生物肥料不僅對環境無害，同樣的對人體也不具化學原料的傷害性，不但可顧及農作物之收成、生長速度還兼顧人體與環境的健康和永續。
於產品價格方面，雖看似較市面化學肥料而言售價較高，但實質上微生物肥料是能夠幫助改善土壤肥力，調節因過度使用化學肥料而破壞的土壤本身，使其回復到原有的狀態。若單論肥力本身，微生物肥料亦不亞於化學肥料，並且可以配合化學肥料的使用，使用微生物肥料不代表會排斥化學肥料的作用，且隨著土壤本身的調節與改善可減少化學肥料的使用量，以長遠之計使用微生物肥料是更為經濟且更具優點的選項。若單論價格而言或許是微生物肥料所需成本較高，但以「價值」而論實質上會比化學肥料要來的更加經濟，且人體的健康與土地的永續使用更是無價。
現今農業面臨產品銷售量與銷售價格不佳等問題，若能使用微生物肥料作為種植期間主要的肥力來源，成為此種種植模式的先驅，並以此為宣傳口號「純有機、無化肥」等，並且能夠使代表現代永續與健康理念導向的農產品問世，想必能形成一股風潮，並帶動相關產品的價值與銷量。
Ｑ：如何判別我的土地需要添加微生物？
Ａ：微生物肥料的作用，是某種程度減少化學肥料的過量使用；同時具有幫助作物健康、協助作物生長、促進肥料利用率等功能。因此，農田不必特別辨識是否需要使用微生物肥料。但需要判斷使用何種微生物製劑，較能符合消費者的需求，例如溶磷菌或者是固氮菌。
Ｑ：我的農田表土呈現磚紅色，以前都沒有過，不知道是什麼原因？
Ａ：表土呈現磚紅色的原因有兩種：一、紅色部分是鐵質氧化物為主，可能的原因是土壤本身含鐵較高，或者是灌溉的水含鐵質較高所造成。二、過量施用糞便類有機肥，容易造成紅色菌的大量繁殖，長期下來抑制了其他微生物的生長，土壤也會呈現紅色。這個部分建議取土壤樣本，送交相關實驗室化驗，較為確定。
Ｑ：有此一說，有機肥料的成分來源不同，因此每年更換品牌效果更好，請問此說法是否正確？
Ａ：植物所需求的營養，為特定的元素成分。更換品牌並不會改變植物養分的需求項目，舉例而言：骨粉與鳥糞所提供之磷元素，彼此並無優劣之分。肥料的使用技巧，應著重於調配是當之比例，並且於正確的時機施灑。如此即不會有偏向與不均衡的情形發生。
Ｑ：肥料的顆粒大小，與肥料的效果、品質是否有影響？
Ａ：以物理學的角度而言，肥料顆粒越小與土壤接觸的表面積越大，肥效的釋放自然會越快速。但品質跟效果，又牽涉到肥料成分與溶解度的關係。因此，顆粒小有助於肥料的速度，但不應以此為唯一依據。此外，顆粒過小的肥料，容易在雨水或是澆灌中流失，反而不易使用。
Ｑ：連續大雨過後，該如何補充流失的肥料？
Ａ：不同土壤性質，流失的肥料量可能不盡相同。粒如砂土有機質含量較低，氮素磷洗嚴重，應適當補充氮肥。但有機質含量高的土壤，雨水反而有助於氮肥之釋放，此時不應補充過多肥料。要注意的是，連續大雨後的補充，多為應急性質，且根部也有可能已經受損。因此建議此時應以葉片噴灑為主。
Ｑ：微生物如何通過業者的製造過程及長時間儲存，還能保持活性？
Ａ：微生物有一特性，當外界環境不利生長時，會呈現休眠狀態或是形成孢子。所以業者將微生物乾燥後儲存，當使用時再吸到水，就可恢復活性並且繼續繁殖。因菌個體較小，乾燥並未損害其細胞內部，這是菌的一般特性。甚至大部份菌種都保存在-80度c下，數十年之久不會死亡。
Ｑ：將田間的枯枝落葉混入土壤，取代基肥是否可行？
Ａ：枯枝落葉可以形成有機質，是正確的。其好處是，省錢、環保、減少垃圾、直接提供植物所需營養。但枯枝落葉並不能直接的提供作物營養，還是必須靠微生物分解過後，才會變成養分。所以當農地不健康，比方說鹽鹼化，或是長期使用農藥，土壤中的生態不完整時，效果即可能打折扣。
Ｑ：請問能否提供菌種的培養配方，消費者可以自行繁殖後再施灑，效果更好？
Ａ：一般市面上常見的微生物產品，大部分都是篩選自土壤中的微生物。而這些微生物的培養條件，多是糖蜜、豆粉、酵母抽出物等營養物質，並無所謂的「秘方」。但在這邊必須特別提醒注意的是，一般民眾並沒有專業的殺菌設備，也沒有辦法在無菌的條件下進行給氧、攪拌等動作。然而，培養基都是適合微生物生長的配方，當然也可能被對植物或人體有害之病原菌入侵，並且大量繁殖。因此，在沒有專業設備的前題下，自行發酵很難確保品質。為了健康與安全，不可不慎。