故事敘述五歲的宗介與媽媽理莎,住在一個靠海小村莊的山崖上。身為船長的爸爸長年出海,留下宗介與媽媽相依為命。一天當他在山崖下岩石遍佈的海灘上玩耍時,撿到了一隻困在玻璃瓶裡的人魚─波妞,宗介救出波妞兩人因此成為好朋友,但是波妞的父親─魔法師藤本,逼著波妞跟他回到海裡。波妞堅決不肯並開始大吵大鬧,她心意已決,要變成人類小女孩回到宗介的身邊,於是波妞竟然決定離家出走!!卻因此造成極大的災難…