因過度使用化學合成肥料，導致地力浩劫、土壤鹽化甚至農產品中過度有害的農藥、肥料殘留是時有所聞，但不使用化學肥料卻無法使農產品達成現今市場消費喜好之外觀與成長時間。使用化學肥料易造成以上的問題，卻不得不使用之，但現今微生物科技產業迅速蓬勃，以微生物為基礎促進地力調節、改善土壤，並且無毒無害的微生物肥料應當屬於現代講求永續經營以及健康的社會氛圍下新一波趨勢。
化學肥料多以化學合成或是礦石粉所製成，但微生物肥料系屬利用微生物以利用微生物的分解與聚合的特性，轉化本來就存在於土壤中的元素，做為農作物的養分，藉此促進植物生長，因肥力本身來自於自然環境，並非外來添加，不至於導致像過度使用化學肥料之傷害土壤，微生物肥料能把對環境的傷害降至最低。微生物肥料不僅對環境無害，同樣的對人體也不具化學原料的傷害性，不但可顧及農作物之收成、生長速度還兼顧人體與環境的健康和永續。
於產品價格方面，雖看似較市面化學肥料而言售價較高，但實質上微生物肥料是能夠幫助改善土壤肥力，調節因過度使用化學肥料而破壞的土壤本身，使其回復到原有的狀態。若單論肥力本身，微生物肥料亦不亞於化學肥料，並且可以配合化學肥料的使用，使用微生物肥料不代表會排斥化學肥料的作用，且隨著土壤本身的調節與改善可減少化學肥料的使用量，以長遠之計使用微生物肥料是更為經濟且更具優點的選項。若單論價格而言或許是微生物肥料所需成本較高，但以「價值」而論實質上會比化學肥料要來的更加經濟，且人體的健康與土地的永續使用更是無價。
現今農業面臨產品銷售量與銷售價格不佳等問題，若能使用微生物肥料作為種植期間主要的肥力來源，成為此種種植模式的先驅，並以此為宣傳口號「純有機、無化肥」等，並且能夠使代表現代永續與健康理念導向的農產品問世，想必能形成一股風潮，並帶動相關產品的價值與銷量。